La Iglesia Evangélica Presbiteriana y Reformada en Perú fue establecida por misioneros de la Iglesia Libre de Escocia. En 1915, John A, Mackay fundó San Andres College. El trabajo médico se concentró en Moyobamba y Cajamarca. El trabajo de la primera iglesia se inició en 1921. La primera iglesia se construyó en Cajamarca en 1936 con 600 personas presentes. La obra se extendió a Tarapoto y Chachapoyas. Pero había escasez de pastores y ancianos. La primera Asamblea General se realizó en 1963 con 5 presbiterios a saber Amazonas, Cajamarca, Lima, Celendin y San Martín, y la iglesia se independiza. El nombre de la denominación era Iglesia Presbiteriana Evangélica del Perú. La iglesia tenía 3.000 miembros.

Los Misioneros Americanos, de la Iglesia Presbiteriana Bíblica, establecieron otra iglesia en 1936. La primera Asamblea General se llevó a cabo en 1970. El nombre de la denominación fue Iglesia Nacional Presbiteriana del Perú. En 1983 la iglesia tenía 11 presbiterios con 8.000 miembros.

Estas iglesias se unieron en 1995 para formar la Iglesia Evangélica Presbiteriana y Reformada en Perú. A principios de la década de 2000, la EPRCP tenía 140 congregaciones y 15 000 miembros en Perú. Miembro de la Fraternidad Reformada Mundial.